Direction Régionale
 Directeur Régional : Marc Svetchine
 Assistante : Martine Aureau

Communication
 Responsable Communication : Valérie Lépinay
 Chargé de Communication : Mickaël Kremer

Contrôle de Gestion
 Contrôleur de Gestion : Philippe Parrot

Environnement
 Responsable Environnement : Anne Petit
 Adjoint à la Responsable Environnement: Antoine Hantz

Direction d'Opérations de la LGV Rhin-Rhône Branche Est
 Directeur d'Opérations : Marc Svetchine
 Chef de mission : Xavier Gruz
 Chargé de projet Tronçon A : Laurent Mazzucchelli
 Chargé de projet Tronçon B : Patrick Sabatier
 Adjointe : Aurélie Carnel
 Chargé de projet Tronçon C : Thierry Dalloz
 Adjoint : Pierre Thepenier
 Responsable du pôle technique: Olivier Le Prunénec
 Foncier/archéologie : Robert Pernet
 Ouvrages d’Art : Hugues Nollet
 Equipements ferroviaires : Jean-Jacques Mourot
 Chargé de projet travaux connexes : Matthias Mennecier

Mission Branche Ouest / Branche Sud
 Chef de mission : Laurent Banlin
 Chargée de projet : Nadège Petitjean

Service Projets d’Investissements
 Responsable Investissements Franche-Comté : Pascal Guillaume
 Responsable Investissements Bourgogne : Raphaël Lefèvre

Département Administratif et Financier
 Chef du Département : René-Paul Simon

Département Aménagement du Patrimoine
 Chargé de mission Installations Terminales Embranchées : Christian Schmitt

Service Gestion du Réseau
 Chargé de mission Maintenance : Antoine Latouche-Halle
 Adjoint : David O'Connor